杜小月为了给丈夫何文远翻案化名柯云在戏班子里唱戏，并回到京城。刚开始被蒙在鼓里的纪晓岚和乾隆也慢慢的看出了点端倪，和珅怕甘肃的事情败露，想方设法要将柯云灭口；在刺杀柯云的时候，乾隆突然出手相救，还把柯云接到宫中，最后柯云还被皇太后认做干女儿。柯云为了寻找证据，在和府住下，结果误中和珅的奸计，泄露了身份，还被乾隆关进大牢。纪晓岚使计让乾隆释放杜小月，小月在被纪晓岚点拨之后，出狱奔甘肃而去。乾隆决定亲自去甘肃调查，纪晓岚和珅乔装改扮紧随其后，眼看事情败露，和珅只好杀人灭口。
第二部分：拉大旗做虎皮（第九集—第十六集）
何文远被人害死，纪晓岚明知是和珅捣鬼，因为证据不足只能作罢。最后杜小月重新回到了草堂。纪晓岚刚开始还不亦乐乎，但没想一个 “帅小叔子”闯入了他们的生活。“帅小叔子”是杜小月亡夫的弟弟何文进，本来是托杜小月办事的，但却鬼使神差的陷入了一个离奇的事件，纪晓岚通过调查慢慢的发现整件事情与很多人有着千丝万缕的关系，乾隆也在亲审犯人的时候了解到京里有一去处，只要“意思”到了，什么事都能铲平，而且那堂上竟然还挂着自己的亲笔匾额。
正当水落石出之际，所有重要的线索突然都断了，乾隆铤而走险，自己乔装改扮深入虎穴，不想被葛贝子之女葛松儿关押。皇上失踪，葛贝子欲改朝换代，纪晓岚几经周折找到了被关押的所有人，和珅接到了纪晓岚临危时放的信鸽，率大军来救驾；乾隆嘉奖了救驾的功臣，同时也烧掉了所有拆字重裱的匾额，而葛贝子只落得个被和珅吊死的下场。
第三部分：笔谈奇案（第17集—第24集）
乾隆欲广开言论，纪晓岚献计初见成效，这也吓坏了心怀鬼胎的和珅。皇上从纪晓岚口中得知小月总去“笔谈”，还迷上了一个才华横溢的龅牙哥，自己的主意也是在茶馆中学到的。乾隆大有兴致，约和珅、纪晓岚一起去探个究竟。三人在茶馆干起了杂役——和珅是茶水，老纪卖干果，皇上则给人研墨；一日，三人偶遇一位梅姓的美貌女子梅映雪，乾隆为梅映雪着迷，命和珅、纪晓岚调查梅映雪的身世。
乾隆找到了梅映雪，并了解了梅海泉案的真相，没想到梅映雪却要求乾隆杀掉当今皇上，乾隆无奈只好和梅映雪夜探皇宫，想用计蒙骗梅映雪，结果梅映雪识出了乾隆的身份，危难之时纪晓岚、和珅前来救驾，化解了眼前的危机。皇上为梅海泉翻案，向梅映雪认错，并示情示爱，没想到梅映雪和龅牙哥情投意合，乾隆只能赐婚。
第四部分：人在草木中（第25集—第35开头两到三分钟集）
乾隆为了分散纪晓岚、和珅的势力，仿古效今，把二人的职位对调，并把二人居住的府邸也对调。这期间二人闹出了不少的笑话。来京城参加斗茶大会的芊芊是纪晓岚的铁杆粉丝，但弄反了纪晓岚与和珅的身份，天真可爱的芊芊让乾隆、纪晓岚、和珅不忍心告诉她真相。
在和府的纪晓岚认识了和珅的十三夫人——荔枝，纪晓岚想方设法让蒙在鼓里的荔枝知道了和珅的为人，荔枝最后决定离开和府与芊芊的叔叔任草木厮守终生。恼羞成怒的和珅暗中派刘全在荔枝的茶中下毒，没想到毒茶却被芊芊喝掉。和珅后悔不已，痛骂刘全，但为时已晚，最后芊芊在参加了斗茶大会赢得茶状元后之后，认和珅、纪晓岚、乾隆三人为爹，含笑而终。
第五部分：忠义祠（第35集—第42也有44集一说集大结局）
乾隆欲拨300万两银子治理漕运，没想到户部尚书称国库已空，乾隆一气之下，命人查账。纪晓岚发现修建忠义祠的100万两有些蹊跷，并想方设法暗示乾隆去青化山个究竟，和珅百般阻挠，并督促福贵抓紧修建忠义祠。最后终于赶在乾隆到达前，把忠义祠建好。乾隆一行人来到青化明察暗访，找到了很多证据，最后福贵认罪，供出和珅是主谋。皇上下不了决心杀和珅，只是下旨让和珅去扫茅厕；治理漕运已经迫在眉梢，但银子还没有凑齐，皇上只好让和珅戴罪立功。和珅不择手段很快就把钱募齐，官员怨声载道，而乾隆却睁一只眼闭一只眼，纪晓岚也无可奈何。最后和珅官复原职，落泪谢恩，纪晓岚只送给和珅四个字“好自为之”。
一日早朝之后，皇上待众臣离去之后留下纪晓岚、和珅，询问二人最近的动向，纪晓岚借机给皇上讲了一个关于狐狸的故事，听完故事乾隆大发感慨，接着突然问和珅、纪晓岚，谁是狐狸，君臣三人大笑接着互相指点，不言而喻。
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